La estructura del espacio en el que nos encontramos consta de tres naves de cinco tramos de igual altura, a modo de un amplio salón. Están separadas por pilares cilíndricos, imitando un bosque de palmeras, que elevan su altura en un remate de crucerías de una sobria belleza verdaderamente excepcional. Terminan las naves en las consiguientes cabeceras ochavadas de tres paños, con la central más profunda y en la que se eleva el retablo central, y capillas laterales bajas para fundaciones particulares.

 El 23 de abril de 1516 el cantero Juan de Regil comienza a trazar y realizar este edificio en el que ahora nos encontramos. Sus trabajos fueron más adelante continuados por Pedro Ortiz de Arteaga y Martín Ruiz de Albiz.

 Para 1538 el programa arquitectónico había quedado ultimado, aunque reorganizaciones posteriores, fruto de distintas motivaciones, acabarán modificando el primitivo sentido espacial de este templo de estilo gótico Reyes Católicos. Toda esta serie de añadidos y ampliaciones se perciben claramente al exterior en numerosos detalles. En la última fase del siglo XIX, posiblemente como consecuencia de movimientos en el entramado de bóvedas, se construyeron unos refuerzos a modo de pantallas ‑diafragma de tracería de claraboya- con el fin de consolidar definitivamente los arcos que marcan la división de cada uno de los tramos en las naves laterales.