Transformaciones en el siglo XVII

En 1607 problemas estructurales del coro hicieron necesario trasladarlo a pie de nave en detrimento de enterramientos, que causó una cierta pólémica. Entre las columnas de la nave central se fijó su ubicación y allí se instaló la sillería realizada a mediados del siglo XVI por Juan de Lorena y Arnao de Bruselas, y que aún hoy se conserva. Este hecho cegó la puerta de entrada, bajo el coro, así que hubo que abrir las dos puertas enfrentadas, que actualmente se utilizan.

Pero, la obra más importante fue motivada por la presencia en Logroño del obispo D. Pedro González del Castillo, el cual, tras su toma de posesión en 1614, decidió fijar su residencia en Logroño, donde murió en 1627.

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La Fábrica en el siglo XVII, con la nueva incorporación tras la cabecera y puertas laterales

En la cabecera, en el lado de la epistola, se conservaba una capilla dedicada a san Ignacio, y allí también había una sacristía. Por iniciativa de D. Pedro la capilla se convitió en la capilla del Cristo y consiguió para ella el privilegio de Real Capilla.

El nuevo espacio se verá enriquecido con retablo, imagen del Cristo, sepultura del obispo y una sacristía para la capilla, la cual permanecerá así hasta 1883, con motivo de la construcción de un deambulatorio procesional en el templo para convertirlo en catedral; así desapareció su sacristía y la capilla sufrió una remodelación, tal y como hoy se puede contemplar.

Además, en 1608, por decisión del obispo D. Pedro Manso de Zúñiga, recibirá bienes, enseres y parroquianos de la parroquia de San Pedro, ubicada en la calle Herbentia en el entorno de la actual plaza de San Agustín, debido a su decadencia y pleitos con una orden de religiosas. Aunque el templo quedó en pie, en 1632 se derribó la iglesia, en 1636 se levantó de nuevo y, a comienzos del siglo XX se demolió definitivamente.