Gracias a los planos antiguos sabemos que las primitivas puertas del norte y sur ocupaban el mismo lugar que las actuales y que estaban dedicadas a los titulares de las dos colegiatas unidad de Albelda y de Logroño, a Santa María la del sur y a San Martín la puerta norte. Eran pobres y estrechas: había que renovarlas mirando al prestigio alcanzado por la colegiata. En 1700 trabajaba ya en ellas el “maestro de escultura” Sebastián de Portu, según una traza del montañés Fernando de la Peña. Con toda seguridad se habían terminado ya para el año 1709. 

Desde la renovación de la fábrica en el siglo XVI quedaban dos torres antiguas. No estaban contentos ni el cabildo ni los parroquianos. Su corta alzada y su pobre estructura desdecían por desproporcionadas, del esbelto cuerpo surgido en el siglo XVI. Se inició la costosa construcción de las dos torres actuales con una grandiosa portada alojada entre las dos. En 1742 el obispo Espejo se introdujo con todos sus bienes como promotor decisivo de la empresa de unas nuevas torres a la que estaba ya incorporado el maestro Juan Bautista de Arbaiza con su proyecto y contrato de dirección. Más tarde veremos entrar a Martín de Beratúa. Los tres constituyen la terna decisiva de la empresa. En agosto de 1756 estaban ya terminadas las dos torres que se convirtieron desde entonces en la postal de la ciudad. 

Mientras se trabajaba en las torres, en 1746 el cabildo aprobaba el proyecto de una capilla de planta octogonal presentado por Juan Bautista de Arbaiza. Trabajaron en realizarlo los maestros de cantería Martín de Beratúa y Martín de Arbe. En 1763, el 3 de septiembre, acordaban que “en atención a haberse concluido la pintura de la capilla se rece una salve por música”.