Cuando Santa María de la Redonda se convirtió en Colegiata se fijó un cabildo, pero con el paso de los años sufrió repetidos cambios, aumentando en número de canónigos para dar la mejor atención en el culto tanto en San Martín de Albelda como en La Redonda. A comienzos del siglo XVII se llega a una estabilidad en su estructura que llegará hasta el concordato de 1851, quedando del siguiente modo:

• Dignidad Episcopal.
• Deán,primera silla después del obispo.
• Chantre, segunda silla.
• Canónigo de lectura o Magistral, introducido por el Concilio de Trento.
• Canónigo del Santo Oficio de la Inquisición.
• Seis canónigos enteros, unos de presentación del Papa y del obispo y otros elegidos por los canónigos y parroquianos. Alguno de estos podía acumular alguna de las siguientes dignidades.
• Arcediano de Logroño, tercera silla.
• Maestroescuela, cuarta silla.
• Tesorero, quinta silla.
• Prior de Logroño, sexta silla.
• Abad del Burgo de Alfaro, séptima silla.
• Arcediano de San Pedro, octava silla.
• Caninicato de media ración, de provisión patrimonial.
• Canonicatos de cuartos de frutos, de provisión patrimonial.
• Canónigos cuartos de optación, elegidos por el cabildo y los parroquianos.

En 1608, El obispo Manso tomó la determinación de integrar en La Redonda a la antigua parroquia de San Pedro, ubicada en la calle Herbentia en el entorno de la actual plaza de San Agustín, debido a su continuada decadencia y sus pleitos con una orden de religiosas. En 1632 se derribó ésta iglesia, levantándose de nuevo en 1636 hasta su definitiva demolición a comienzos del siglo XX.

En el apartado de obras, dos son las principales intervenciones que se realizan en el templo. En 1607 se decibe bajar el coro haciendo un coro bajo en la nave central en detrimento de enterramientos, en el que se instaló la sillería realizada a mediados del siglo XVI por Juan de Lorena y Arnao de Bruselas. La obra más importante fue la de la realización de la capilla del Cristo.

D. Pedro González de Castillo

Se desconoce cual fue el momento en el que surge entre los logroñeses la devoción por el Cristo de la Redonda pero en el siglo XVI vemos como, en la nueva planta, la capilla de San Ignacio en el testero, en el lado de la epístola, se convertía en pocos años en la capilla del Cristo. Fue la iniciativa del obispo González de Castillo la que hace que se construya la capilla del Cristo, ampliándose hacia el este y logra para ella el título de Real Capilla. El nuevo espacio albergaba el retablo con la imagen del Cristo, la sepultura del obispo Castillo y una sacristía para el culto de la capilla. La caída de las rentas y de la devoción popular por el Cristo en el siglo XIX, llevaron a la capilla a una vida mortecina hasta que, en 1883, con motivo de la construcción de un deambulatorio procesional en el templo para convertirlo en catedral, desapareció su sacristía y la capilla sufrió una transformación hasta quedar tal y como la conocemos en la actualidad.